药物化学研究所主要针对肿瘤、病毒、老年性疾病等重大疾病，以疾病相关的基因或蛋白等疾病发生发展过程中关键的生物大分子为靶点，开展以靶分子结构为基础的药物分子设计、天然源先导结构的分离鉴定、药物分子合成方法学、药理和安全性评价以及药物合成生产工艺等方面的研究。
近年来，随着师资力量的不断壮大，逐步形成了优势突出的特色方向和研究领域，尤其在以西部药用活性植物的先导发现与药物设计、新药开发等领域，形成了以下研究特色：①计算机辅助药物设计与靶标识别研究；②西部药用植物活性成分分离鉴定与先导挖掘；③ 以天然源活性成分为先导结构，开展防治西部高发疾病的药物修饰合成与结构优化研究；④ 仿制药物合成工艺研究。近五年来先后承担国家、省部级项目20余项，在国际知名期刊如J. Am. Chem. Soc., Angew. Chem. Int. Ed., J. Med. Chem., Chem. Soc. Rev等杂志发表高水平学术论文130余篇，获授权专利20余项，获得省部级及以上科研奖励3项。在服务国家和地方经济发展中发挥着重要作用。
研究所现有专职教师13人，其中教授8人，副教授5人，其中博士生导师8人，硕士生导师13人。1人入选中组部“青年千人计划”，1人入选“青年长江学者”， 2人入选甘肃省“飞天学者”。
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